制药工程学硕士学位点为2024年公司申请新增目录外自主设置硕士点，同年获批，2025年开始招收学术学位硕士研究生。

学位点面向制药工业的关键科学与技术问题，将药学、中药学与工学进行有机融合开展研究工作，经过多年的凝练与发展，主要形成制药过程传质与分离、制药新技术与新方法等两个特色研究方向。其中制药过程传质与分离方向于其中，制药过程传质与分离方向于2008-2025年在药物化学、药学专业学位、中药学等硕士点招生，已培养硕士研究生23人（省级优秀毕业生4人），在读硕士研究生31人和博士研究生2人。

学位点现有导师9人，其中教授/研究员5人（博导2人），副教授/副研究员4人，均为博士。团队拥有安徽省教学名师1人，安徽省青年拔尖人才2人，安徽省教育厅优青1人，安徽省优秀青年研究生导师1人，全国创新创业优秀博士后1人。近5年，承担国家自然科学基金4项，国家重点研发计划子课题4项，安徽省自然科学基金4项，安徽省高校自然科学研究项目10项，校企合作项目5项等；在Angew. Chem. Int.、ACS Nano.、J. Membr. Sci.、Wear、Chem. Eng. J.、Chem. Eng. Sci.、Desalination、Sep. Purif. Technol.、中草药、膜科学与技术等高水平期刊发表学术论文60余篇；申请发明专利30余项。

学科拥有制药工程原理实验室、制药工艺学创新实验室、制药工程中试平台等实验室，建有制药工程技术研究中心，依托药物制剂技术与应用安徽省重点实验室、TapTap点点官方网站药物化学研究所、省部共建安徽道地中药材品质提升协同创新中心、安徽省现代中药产业共性技术研究中心等研究平台。