药物化学学科自1999年开始与中药学学科联合培养硕士研究生，2006年经国务院学位委员会批准获得药物化学专业硕士学位授予权；2009年天然药物活性成分结构修饰与改造方向被列为中药学博士点的主要建设方向之一。药物化学硕士学位点依托于安徽省活性天然产物重点实验室、中药化学国家中医药管理局重点学科、安徽省中医药科公司药物化学研究所、药物化公司级重点学科、校级制药工程技术研究中心，建有完善的药物合成、天然药物活性成分分离提取、药物活性筛选、药物作用机制研究与成药性评价平台，拥有计算机辅助药物设计工作站，研究条件完善。

本学位授权点的主要研究方向包括：基于天然产物活性成分（中药单体）和生物学靶标的药物设计、合成与生物活性研究；天然药物化学；药物合成方法学研究；天然药物生物合成；制药传质与分离新技术研发。学位点现有正高（教授、研究员，含校聘职称）24人，副高（副教授、副研究员，含校聘职称）8人，博士生导师12人，硕士生导师20人。

近五年，药物化学学位点主持国家重点研发计划2项、国家自然科学基金10项，安徽省科技重大专项、安徽省自然科学基金、安徽高校自然科学研究项目等省部级项目近40项，以及校企合作项目多项；在主流期刊发表SCI论文70余篇；获授权国家发明专利20余项；与企业合作研发的抗缺血性脑卒中药物吡拉格雷钠正处于III期研究中。